Pessoal,
Minha aplicação é assim:
Aplicação /Admin arquivos do Admin /Usuarios arquivos do Usuarios arquivos da aplicação
Para tratar o erro 404, coloquei um arquivo erro400.jsp junto aos arquivos da aplicação e no xml adicionei:
<error-page> <error-code>404</error-code> <location>/erro404.jsp</location> </error-page>